از آنجا که کتابهای موجود در پایگاه کتابخانه دیجیتال نور ابتدا در نرم افزارها مرکز تحقیقات کامپیوتری علوم اسلامی نور اماده و منتشر شده است و سپس آماده سازی و در پایگاه بارگذاری می شود. تعدادی از این اشکالات به خاطر این می باشد این کتابها مخصوص کتابخانه آماده سازی نشده اند و می بایست اشکالات کتابها از پایه مرتفع گردد.

از ابتدا که کتابها در مرکز تایپ و تصحیح و مقابله شده اند مناسبت نرم افزارها تمام متن تایپ نشده اند به طور مثال کتابی که صرفا بخشی از کتاب که مطلبی درباره طب داشته است تایپ و برای نرم افزار طب آماده سازی شده است و نه تمام کتاب و وقتی ما این کتاب را در سایت منتشر می کنیم نواقصی پدید می اید. از این جمله مقدمه کتابها می باشد. کتابی که از آغاز کتاب تا متن اصلی یک سری شماره صفحه خورده است و دوباره با شروع متن اصلی کتاب شماره صفحه 1 شروع می شود که مقدمه این کتاب ها اسکن شده است ولی تایپ نشده است و هنگام آپلود دچار ناهماهنگی می شود.

کتابی را مشاهده می کنیم که چون برای نرم افزار گنجینه روایات نور محیا شده است یک صفحه در میان که متن آن فارسی بوده است تایپ شده است و صفحات عربی آن تایپ نشده است و به همین دلیل یک صفحه در میان با عبارت صفحه در سیستم دارای داده نمایشی نمی باشد مواجه می شوند.

این نکته را نیز اضافه باید اضافه کرد که صفحات سفید، صفحات که داری نسخ خطی، نقشه، فهرست و … می باشد که در نرم افزار مشخصات آن صفحه ورود اطلاعات نشده است آن صفحه دارای داده نمایشی نمی باشد.

پایگاه در صدد آن می باشد تا این اشکالات را مرتفع نماید که با وجود حجم زیاد این اشکالات، رفع آن با کندی پیش می رود.